Nationalparkerne blev sat på dagsordenen i 2001 af Wilhjelmudvalget under Miljøministeriet. Det skete i forbindelse med, at man udarbejdede en national handlingsplan for biologisk mangfoldighed. I 2002 blev pilotprojekterne udpeget, og en række udredningsopgaver og undersøgelser blev søsat.

En følgegruppe afleverede i 2006 en rapport til miljøministeriet med en række anbefalinger, som førte til, at Nationalparkloven blev vedtaget i 2007. De første to nationalparker - Thy og Mols Bjerge - er blevet indviet, og de næste tre følger over de næste par år.

Lokal forankring og nationale hensyn
I arbejdet med nationalparkerne bruger COWIs medarbejdere mange års erfaring fra andre naturprojekter i ind- og udland. For en række af pilotprojekterne og de etablerede parker udfører COWI:

• Naturplanlægning, som omfatter kortlægning af naturværdier samt forslag til naturgenopretning og fremtidig arealforvaltning 
   
• Skitseprojekter for naturgenopretning med f.eks. hævning af vandstand for at forbedre naturen i de fremtidige nationalparker
   
• Vurdering af friluftslivets påvirkning af natur 
   
• Opstilling af scenarier og visioner for de fremtidige nationalparker
   
• Borgerinddragelse
   
• Lokale erhvervsøkonomiske analyser
   
• Formidling via pjecer, hjemmesider og slutrapport til Miljøministeren.